요약(Summary): 장애인고용부담금 경정청구로 과납 법인세를 돌려받을 수 있습니다. 2026년 3월 대법원 판결과 2026년 5월 예규를 근거로, 2025년 납부분까지 대상이 되는 이유와 사업연도별 청구 기한을 정리했습니다.
들어가며
"작년까지 비용으로 인정받지 못했는데, 그럼 그동안 낸 법인세는 어떻게 되나요?"
장애인고용부담금을 내온 기업에서 요즘 가장 많이 받는 질문입니다.
결론부터 말씀드리면 장애인고용부담금 경정청구로 돌려받을 수 있습니다. 2026년 3월 12일 대법원이 이 부담금은 '제재로서 부과되는 공과금'이 아니라고 확정했기 때문입니다.
다만 시한이 있습니다. 이미 납부한 세금을 세무서에 다시 계산해 달라고 요청하는 경정청구는 신고기한이 지난 뒤 5년까지만 할 수 있어, 지금은 2021 사업연도분부터 가능합니다.
이번 칼럼에서는 대법원 2024두30809 판결과 재정경제부 법인세제과-415 유권해석을 바탕으로, 어느 연도까지 돌려받을 수 있고 무엇을 확인해야 하는지 정리해 보았습니다.
1. 장애인고용부담금이란 무엇인가요?
장애인고용법은 일정 규모 이상의 사업주에게 근로자 총수의 일정 비율 이상을 장애인으로 고용하도록 의무를 지우고 있습니다. 장애인고용부담금은 이 의무고용률을 채우지 못한 사업주가 미달 인원에 비례해 납부하는 돈으로, 실무에서는 대체로 상시근로자 100명 이상 사업장에서 발생합니다.
문제는 납부한 부담금을 법인세 계산에서 비용으로 인정받느냐입니다. 법인세법은 법령 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금은 손금으로 인정하지 않습니다. 벌금이나 과태료처럼 위반을 응징하기 위해 물리는 돈까지 비용으로 깎아주면 제재의 실효성이 떨어지기 때문입니다.
장애인고용부담금은 고용의무를 이행하지 않았다는 사실에서 출발해 부과됩니다. 그래서 이 부담금이 벌금이나 과태료 같은 제재인지, 아니면 이름 그대로 정책 목적을 위한 부담일 뿐인지가 오랫동안 쟁점이었습니다.
제재로 본다면 손금으로 인정받지 못해 그만큼 법인세를 더 내야 합니다. 정책적 부담금으로 본다면 다른 사업경비와 마찬가지로 손금으로 인정됩니다.
2. 손금 인정 여부는 어떻게 바뀌어 왔을까요?
이 쟁점이 복잡한 이유는 같은 부담금을 두고 손금 인정 여부가 계속 뒤집혔기 때문입니다.
순서대로 알아보겠습니다.
(1) 손금불산입으로 전환 (2018년 2월)
그전까지 장애인고용부담금은 손금으로 인정되는 공과금이었습니다. 그런데 2018년 2월, 기획재정부가 이 해석을 뒤집었습니다. 요지는 장애인고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호에 따른 공과금, 즉 손금불산입 대상 공과금에 해당된다고 해석한 것입니다(기획재정부 법인세제과-145, 2018. 2. 21.).
기업과 세무대리인 입장에서는 과세관청의 최신 유권해석을 따르는 것이 자연스러운 선택입니다. 그래서 2018년 이후 대부분이 손금불산입으로 신고해 왔고, 그만큼 법인세를 더 납부해 왔습니다.
(2) 대법원 확정: 다시 손금 인정 (2026년 3월 12일)
한 회사는 이러한 기획재정부의 유권해석이 위법하다는 취지로 소송을 제기했고, 대법원은 납세자(회사)의 손을 들어줬습니다(대법원 2024두30809, 2026. 3. 12. 선고).
대법원이 논점으로 삼은 부분은 이 부담금이 「법인세법」 제21조 제5호가 말하는 '제재로서' 부과되는 공과금인지였고, 판단은 다음과 같습니다.
1) 장애인고용법에는 고용의무 불이행에 대한 형사처벌 규정이 없음.
2) 따라서 부담금의 성격은 징벌이 아니라 유도적·조정적 특별부담금임.
3) 과거 법인세법 시행령이 개정된 것은 헌법재판소 위헌결정에 따른 형식적 변경이었을 뿐, 이 부담금의 비용 성격을 바꾼 것이 아님.
결국 핵심은 부담금이 '벌'이 아니라 '고용을 유도하기 위한 조정 장치'라는 것입니다. 제재가 아니라면 손금불산입 대상도 아니라는 결론이 여기서 나옵니다.
다만 이 판결이 다룬 것은 2024 사업연도까지의 장애인고용부담금입니다. 그렇다면 2025년부터는 어떻게 되는 걸까요?
(3) 그럼 2025년부터는 어떻게 되는 건가요?
2025년부터는 이야기가 달라집니다.
2024년 12월 31일 법인세법 개정(법률 제20613호)으로 제21조 제5호의 문구가 바뀌었기 때문입니다.
| 구분 | 조문 |
| 개정전 (2024년까지) | 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금 |
| 개정후 (2025년부터) | 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금 |
바뀐 것은 '위반에 대한 제재로서'라는 문장이 '위반을 이유로'가 된 것뿐입니다.
그런데 이 작은 차이는 대법원의 기존 판결에도 불구하고 장애인고용부담금을 손금불산입 하도록 합니다. 이 차이가 대법원 논거를 그대로 비켜 갑니다. 대법원이 손금으로 본 근거는 "이 부담금은 제재가 아니다"였는데, 개정법은 '제재'라는 요건 자체를 빼 버렸기 때문입니다.
따라서 장애인고용부담금은 의무고용 '위반을 이유로' 부과되는 것이므로, 2025년부터는 손금불산입 공과금에 해당하게 됩니다.
3. 그렇다면, 2025년 납부분은 손금 대상인가요?
그렇다면 2025년에 납부한 부담금은 개정전과 개정후 법인세법 중 어느 쪽을 적용받을까요?
이 기준은 2026년 5월 재정경제부 유권해석이 명확히 했습니다(법인세제과-415, 2026. 5. 29.).
회신은 두 가지를 함께 밝히고 있습니다.
첫째, 「장애인고용법」 제33조 제1항에 따라 고용노동부장관에게 납부하는 장애인고용부담금은 개정 전 제21조 제5호의 공과금에는 해당하지 않으나, 개정 후 제21조 제5호의 공과금에는 해당한다는 것입니다. 대법원 판결과 법 개정의 결론을 그대로 확인한 셈입니다.
둘째가 실무의 핵심입니다. 개정된 제21조 제5호는 "2025년 1월 1일 이후 장애인고용에 대한 의무 불이행에 따라 부담금 의무가 발생하는 분부터" 적용됩니다. 즉 기준이 되는 것은 부담금을 납부한 시점이 아니라 고용의무를 이행하지 않은 시점입니다.
부담금은 통상 미이행 연도의 다음 해에 신고·납부합니다. 그러므로 2025년에 납부한 부담금은 대부분 2024년의 고용의무 미이행분이고, 이는 개정법이 아니라 종전 규정이 적용되는 구간입니다.
따라서 일반적으로 2025년에 납부한 부담금은 대법원 판결에 따라 손금으로 처리할 수 있습니다.
정리하면 이렇습니다. 2024년 고용의무 불이행으로 2025년에 부담금을 내면서 2025 사업연도 법인세 신고 때 이를 손금불산입으로 처리했다면, 그 부분은 경정청구 대상이 될 수 있습니다.
다만 현재로서는 2025년 고용의무 미이행분(통상 2026년에 납부)부터는 개정세법이 적용되어 손금불산입입니다. 이 구간은 경정청구 대상이 아니라, 앞으로 손금불산입으로 세무조정해야 하는 구간입니다.
결국 부담금을 '언제 냈는지'가 아니라 '언제의 미이행분인지'를 기준으로 과거 신고와 앞으로의 신고를 모두 정리하셔야 합니다.
4. 장애인고용부담금 경정청구는 언제까지 해야 하나요?
경정청구(이미 납부한 세금을 세무서에 "다시 돌려달라"고 요청하는 절차) 기한은 법정신고기한이 지난 날부터 5년입니다. 판결이 났다고 해서 기한이 늘어나지 않으므로, 오래된 사업연도부터 순서대로 사라집니다.
12월 결산 법인을 기준으로 정리하면 다음과 같습니다.
| 사업연도 | 법정신고기한 | 경정청구 마감 |
| 2020 | 2021. 3. 31. | 2026. 3. 31. (마감완료) |
| 2021 | 2022. 3. 31. | 2027. 3. 31. |
| 2022 | 2023. 3. 31. | 2028. 3. 31. |
| 2023 | 2024. 3. 31. | 2029. 3. 31. |
| 2024 | 2025. 3. 31. | 2030. 3. 31. |
| 2025 | 2026. 3. 31. | 2031. 3. 31. |
즉, 지금 청구할 수 있는 것은 2021 사업연도부터 2025 사업연도까지 다섯 개 연도이고, 가장 임박한 마감은 2021 사업연도분의 2027년 3월 31일입니다.
5. 실무에서는 어떤 부분을 검토해야 할까요?
(1) 2025년 납부액이 2024년 미이행분인지 확인합니다
부담금 납부 내역과 고용의무 미이행 연도를 대조합니다. 통상적인 신고·납부 흐름이라면 2025년 납부액은 2024년 미이행분이고, 이 경우 손금산입 대상입니다. 2024 사업연도 이전 납부분은 모두 구법이 적용되므로, 이 확인은 2025년 납부분에만 필요합니다.
다만 세무서 입장에서는 납부일자만 보고 개정법 적용 대상으로 판단하기 쉽습니다. 한국장애인고용공단의 신고서와 납부 내역 등 미이행 연도를 확인할 수 있는 자료를 함께 갖춰 두는 편이 안전합니다.
(2) 각 사업연도 법인세 신고에서 어떻게 처리했는지 확인합니다
2026년 3월에 제출한 2025 사업연도 법인세 신고서부터 거슬러 올라가며 세무조정 내역을 봅니다. 이미 손금산입했다면 추가 조치가 필요 없지만, 손금불산입으로 처리했다면 그 사업연도가 장애인고용부담금 경정청구 대상입니다.
실무에서는 2018년 기획재정부 유권해석을 따라 손금불산입으로 신고한 사례가 대부분이어서, 확인해 보면 청구 여지가 남아 있는 경우가 많습니다.
(3) 경정청구서는 세무조정 하나를 바꾸는 작업입니다
절차 자체는 복잡하지 않습니다. 기존 신고에서 손금불산입(기타사외유출)으로 처리한 금액을 손금산입으로 바꾸고, 그에 따라 달라지는 과세표준과 산출세액을 다시 계산해 경정청구서를 제출하면 됩니다.
(4) 법인지방소득세도 함께 경정청구합니다
법인세 경정청구가 인용되면 과세표준이 바뀌므로, 법인지방소득세도 연동해 경정청구해야 합니다. 법인세만 처리하고 지방소득세를 놓치면 환급받을 금액의 일부가 그대로 남으니 함께 챙기시기 바랍니다.
마치며
장애인고용부담금의 세무 처리는 2018년 손금불산입으로 바뀌었다가 대법원 판결로 다시 손금이 됐고, 2025년 이후 미이행분부터는 개정법에 따라 또 달라집니다.
경정청구를 검토할 때 실무에서 확인할 것은 두 가지입니다.
첫째, 부담금을 낸 해가 아니라 고용의무를 지키지 못한 해가 언제인지입니다. 2025년에 냈더라도 2024년 미이행분이라면 손금으로 처리할 수 있습니다.
둘째, 그 사업연도 법인세 신고에서 손금불산입으로 처리했는지입니다. 이미 손금산입했다면 반영된 것이고, 손금불산입했다면 경정청구 대상입니다.
권리는 있어도 기한이 지나면 행사할 수 없습니다. 2021 사업연도분의 마감이 2027년 3월 31일로 다가와 있어, 오래된 연도부터 순서대로 확인하시는 편이 좋습니다.
세무조정 한 줄을 바꾸는 작업이지만, 미이행 연도 확인과 지방소득세 연동까지 함께 봐야 실제 환급으로 이어집니다. 장애인고용부담금 경정청구가 가능한 기업이라면 과거 신고 내역을 지금 확인해 보시길 권합니다.
※ 본 칼럼은 대법원 2024두30809 판결(2026. 3. 12. 선고)과 재정경제부 법인세제과-415(2026. 5. 29.), 2026년 8월 현행 세법을 기준으로 대율회계법인 양하아민 회계사에 의해 작성되었습니다. 개별 거래의 구체적 사실관계에 대한 세무 자문이 아닙니다.
근거 규정 및 출처
법령 (2026년 8월 현재 시행)
- 법인세법 제21조 제5호, 법률 제20613호(2024. 12. 31.) 부칙 적용례
- 국세기본법 제45조의2
- 장애인고용촉진 및 직업재활법 제33조
판례
- 대법원 2024두30809, 2026. 3. 12. 선고: 장애인고용부담금은 '제재로서 부과되는 공과금'에 해당하지 않음
유권해석
- 재정경제부 법인세제과-415, 2026. 5. 29.
- 기획재정부 법인세제과-145, 2018. 2. 21.