통합고용세액공제 2026년 개정, 무엇이 달라지나

들어가며

고용을 늘린 기업을 상담하다 보면 가장 자주 받는 질문 중 하나가 통합고용세액공제입니다. "사람을 뽑았는데 세금은 얼마나 줄어드나요?"라는 물음이지요.

그런데 이 제도가 2026년부터 크게 바뀝니다. 2025년 7월 발표된 기획재정부 「2025년 세제개편안」과 그 후속 시행령 개정안에 따라, 공제를 계산하는 방식과 요건이 달라지기 때문입니다. 특히 "고용을 늘렸다가 이듬해 줄이면 전액 토해내야 한다"는 부담이 완화되는 대신, "유지할수록 더 받는" 방향으로 재설계된 점이 핵심입니다.

이 칼럼을 통해 통합고용세액공제(조세특례제한법 제29조의8)를 기준으로, 2026년 개정으로 무엇이 달라지는지를 크게 네 가지로 정리해 보고자 합니다.

1. 통합고용세액공제란 — 고용을 늘리면 세금을 깎아주는 제도

먼저 제도의 뼈대부터 짚겠습니다. 통합고용세액공제는 상시근로자 수가 늘어난 만큼, 1인당 정해진 금액을 법인세(또는 소득세)에서 공제해 주는 제도입니다. 2023년부터 기존의 고용증대세액공제 등 여러 고용 관련 공제를 하나로 통합한 것이 이름의 유래입니다.

여기서 상시근로자란 근로기준법에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자를 말하며, 근로기간이 1년 미만인 근로자, 월 60시간 미만 단시간근로자, 임원, 최대주주·최대출자자와 그 배우자·직계존비속 등은 제외됩니다(시행령 제26조의8 제2항).

한 가지 유의할 점은 단시간근로자의 계산 방식입니다. 월 60시간 이상 단시간근로자는 상시근로자에 포함되되, 상시근로자 수를 계산할 때 1명을 0.5명으로 봅니다. 다만 무기계약 체결, 차별적 처우 없음, 시간당 임금이 최저임금의 130%(중소기업은 120%) 이상 등 요건을 모두 충족하면 0.75명으로 계산합니다(시행령 제11조의2 제8항 준용).

공제 대상 근로자는 두 갈래로 나뉩니다. 청년 정규직·장애인·60세 이상·경력단절 근로자 등은 '청년등상시근로자'(우대)로, 그 밖의 근로자는 '청년등외상시근로자'(일반)로 구분됩니다.

2026년 개정의 핵심이 바로 공제금액 구조에서 드러납니다. 개정 계산식은 1인당 공제액을 '한 해 전(직전)·두 해 전(전전)·세 해 전(전전전) 대비 증가분' 세 층으로 나눠 매기고, 오래 유지한 층일수록 단가를 높게 줍니다. 그래서 고용을 그대로 유지한 근로자 1명이 받는 공제액은 해가 갈수록 커집니다. 유지를 전제로 한 1인당 공제액을 연차별로 정리하면 다음과 같습니다.

우대(청년등상시근로자) 1인당 공제액

일반(청년등외상시근로자) 1인당 공제액

예를 들어 수도권 중소기업의 청년 상시근로자가 1명 증가하고, 이 상태가 3년간 유지된다면, 1년차 700만 원, 2년차 1,600만 원, 3년차 1,700만 원으로 3년간 합계 4,000만 원(지방은 4,900만 원)을 공제받습니다. 첫해보다 유지한 이후에 더 크게 돌려주는 '점증(漸增) 구조'입니다. 공제기간은 중소·중견기업 3년, 대기업 2년입니다.

2. 공제 구조가 '점증 구조'로 바뀝니다 — 유지할수록 더 많이

가장 큰 변화입니다. 결론부터 말하면, 고용이 줄면 이미 받은 공제를 도로 토해내던 '추징' 방식이 사라지고, 대신 "직전 3개 과세연도 중 어느 한 해보다 상시근로자가 많으면 계속 공제"하는 방식으로 바뀝니다.

우선 종전 부담이 무엇이었는지 봅시다. 예전에는 고용을 늘려 공제를 받았더라도 사후관리 기간(중소·중견 3년, 대기업 2년) 안에 상시근로자 수가 줄면, 이미 받은 공제액을 다시 납부해야 했습니다. 채용계획 시 고민해야 하는 요소 중 하나였죠.

개정법은 이 상시근로자 증가분에 대한 추징 규정(구 제29조의8 제3항)을 삭제했습니다. 대신 공제 여부를 판정하는 기준 자체를 바꿨습니다. 개정 조문은 해당 과세연도의 상시근로자 수가 "직전 3개 과세연도(2024년 12월 31일 이전 개시분 제외) 중 1개 이상 과세연도보다 증가한 경우" 공제하도록 규정합니다(제29조의8 제1항).

무슨 뜻일까요. 한 해 사람을 늘려 두면, 그 인원을 유지하는 동안에는 몇 해 전보다 여전히 많으므로 매년 공제를 이어받는 구조라는 의미입니다. 반대로 인원이 줄어 3년 전 수준까지 내려가면 그해에는 공제를 받지 못할 뿐, 과거에 받은 공제를 추징당하지는 않습니다. "단기 고용 후 감원"을 막고 "오래 유지하는" 쪽에 혜택을 몰아주려는 취지입니다.

3. 최소고용증가인원 기준 신설 — 중견 5명·대기업 10명 초과분만

두 번째 변화는 대상 축소입니다. 결론부터 말하면, 중견기업과 대기업은 일정 인원을 '초과'해 고용을 늘린 경우에만 공제가 적용됩니다.

구체적으로 시행령은 최소고용증가인원수를 중견기업 5명, 중견기업이 아닌 경우(대기업) 10명으로 정하고 있습니다(시행령 제26조의8 제3항). 예를 들어 대기업이 상시근로자를 12명 늘렸다면, 10명을 초과한 2명분에 대해서만 공제 대상이 됩니다.

여기서 실무상 꼭 기억할 점이 있습니다. 중소기업은 이 최소고용증가인원 기준의 적용 대상이 아닙니다. 조문도 "중소기업이 아닌 내국인"에 한해 이 요건을 두고 있어, 중소기업은 종전과 같이 늘어난 인원 전체가 공제 대상입니다. 이 개정은 세제 혜택을 규모가 큰 기업일수록 '일정 수준 이상의 실질적 고용 창출'에 집중시키려는 취지로 이해됩니다.

4. 청년·상시근로자 판단기준 변경 — 계약 시점 나이로 청년 지위 유지

세 번째 변화는 요건 판정 방식입니다. 두 가지를 나눠 보겠습니다.

(1) 청년 연령 판단기준 완화

핵심은 근로계약 체결 당시 34세 이하였다면, 이후 나이가 들어도 일정 기간 계속 '청년'으로 보아 우대공제를 유지한다는 점입니다. 시행령은 근로계약 체결 당시 34세 이하인 사람은 근로기간 중 34세를 초과하더라도 근로계약 체결일부터 4년간(중소·중견기업이 아닌 경우 3년간) 청년등상시근로자로 본다고 규정합니다(시행령 제26조의8 제4항 제1호). 기본 연령 한도는 15세 이상 34세 이하이며, 병역 이행 기간은 최대 6년까지 연령에서 빼고 계산합니다.

(2) 상시근로자 판단기준

과거에는 상시근로자에 해당하는지 여부를 판단할 때, 근로계약기간이 1년 이상인지를 기준으로 판단하였습니다. 반면에 개정된 규정에서는 판단기준이 근로계약기간에서 실제 근로기간을 기준으로 변경됩니다. 구체적으로, 시행령은 실제 근로기간이 1년 미만인 근로자를 상시근로자에서 제외하도록 하고 있어(시행령 제26조의8 제2항 제1호), 형식적인 계약 문구보다 실제 근로의 지속성을 중심으로 판단하는 구조입니다.

5. 언제부터, 언제까지 적용되나 — 2026~2028년 과세연도 한시

마지막으로 적용 시기입니다. 개정된 제29조의8 제1항은 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2028년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 상시근로자 증가에 대해 이 공제를 적용한다고 규정합니다. 12월 결산 법인이라면 2026·2027·2028 사업연도가 대상인 3년 한시 제도인 셈입니다.

증가 여부를 판정할 때 비교 대상이 되는 '직전 3개 과세연도'에서 2024년 12월 31일 이전에 개시한 과세연도는 제외되는 점도 함께 확인해 두시기 바랍니다. 기존에 공제를 받아 사후관리 기간이 진행 중인 기업은 자신의 사례가 종전 규정과 개정 규정 중 어디에 해당하는지 반드시 따져봐야 합니다.

개정 전후 한눈에 보기

마치며

이번 개정의 방향은 한 문장으로 정리됩니다. "많이 뽑고 오래 유지하는 기업에 혜택을 몰아준다"는 것입니다. 첫해에 크게 받고 마는 구조에서, 고용을 지킬수록 더 받는 점증 구조로 무게중심이 옮겨졌습니다.

실무에서는 세 가지를 챙기시길 권합니다. 첫째, 우리 회사가 중소·중견·대기업 중 어디에 해당하는지(최소고용증가인원 적용 여부가 갈립니다). 둘째, 청년 근로자의 계약 체결 시점 연령을 근로계약서로 확인해 두는 것. 셋째, 개정 규정과 경과조치 중 우리 사례에 무엇이 적용되는지입니다.

다만 통합고용세액공제는 상시근로자 수 계산과 연차별 층 구분이 까다로워 실제 산정에서 착오가 생기기 쉽습니다. 고용 계획과 세액공제 전략을 함께 설계하고 싶으시다면, 신고 전에 전문가의 검토를 받으시길 권해 드립니다.

근거 규정 및 출처

• 조세특례제한법 제29조의8(통합고용세액공제)
• 조세특례제한법 시행령 제26조의8
• 조세특례제한법 시행령 제11조의2 제8항(상시근로자 수 계산 방법 준용)
• 기획재정부, 「2025년 세제개편안」(2025년 7월 발표)
• 한국공인회계사회, 「2025년 주요 세법개정안 해설 — 통합고용세액공제」

본 글은 대율회계법인 손주영 공인회계사가 2026년 7월 현행 법령을 근거로 작성했습니다.