요약(Summary): 스타트업 임직원이 받은 스톡옵션은 '행사할 때'와 '주식을 팔 때' 두 번 세금을 납부하게 됩니다. 행사이익 근로소득 과세부터 벤처기업 비과세(연 2억·누적 5억), 5년 분할납부, 양도소득 전환 특례까지, 스톡옵션을 받은 임직원이 놓치면 안 될 세금 핵심을 정리했습니다.
들어가며
스타트업 임직원을 상담하다 보면 스톡옵션(주식매수선택권)에 관한 질문이 유독 많습니다. "회사 주식을 1,000원에 살 수 있는 권리(스톡옵션)을 받았는데, 지금 회사 가치가 올랐다는데 세금은 언제 내는 건가요?", "행사만 하면 세금 폭탄이라던데 사실인가요?" 같은 물음입니다.
스톡옵션 관련 세금문제의 경우 막막해 보이지만 사실 아래 세 가지 범주로 나누어 고민해보면 대부분의 문제는 해결됩니다.
- 언제 세금이 발생하는지
- 세법에서는 해당 소득을 어떤 소득으로 보는지
- 내가 어떤 과세특례를 적용받을 수 있는지
때문에 이번 칼럼에서는 위 내용에 대해 중점적으로 다뤄보도록 하겠습니다.
1. 스톡옵션 세금은 언제 발생할까?
먼저 전체 그림부터 짚겠습니다. 스톡옵션의 세금은 서로 다른 두 시점에서 두 번 생깁니다.
첫째는 행사 시점입니다. 정해진 행사가격으로 주식을 사는 순간, 그때의 주식 시가와 행사가격의 차액만큼 이익이 생기는데 이를 '행사이익'이라 합니다. 예를 들어 주식을 1,000원에 살 수 있는 권리를 시가 11,000원일 때 행사하면, 1주당 10,000원이 행사이익입니다.
둘째는 양도 시점입니다. 행사로 취득한 주식을 나중에 더 높은 가격에 팔면, 행사 당시 시가와 판 가격의 차액만큼 '양도차익'이 생깁니다. 예를 들어, 위에서 권리를 행사하여 시가 11,000원일 때 취득한 주식을 15,000원에 양도하는 경우 4,000원의 양도차익이 발생합니다.
정리하면 다음과 같습니다.
| 구분 | 과세되는 시점 | 계산식 | 소득 종류 |
| 행사이익 | 옵션을 행사할 때 | 행사 당시 시가 − 행사가격 | 근로소득(또는 기타소득) |
| 양도차익 | 취득한 주식을 팔 때 | 양도가액 − 행사 당시 시가 | 양도소득 |
핵심은 두 이익이 서로 다른 세금이라는 점입니다. 행사이익은 '일해서 받은 대가'로 보아 근로소득세로, 양도차익은 '자산을 팔아 남긴 차익'으로 보아 양도소득세로 과세합니다. 뒤에서 볼 벤처기업 특례들도 결국 이 두 갈래 중 어디에서, 얼마를 덜어줄 것인지를 정하는 규정들입니다.
2. 행사이익을 어떤 종류의 소득으로 분류할까?
세법에서는 스톡옵션을 재직 중에 행사하느냐, 퇴직 후에 행사하느냐에 따라 소득구분을 달리 합니다.
(1) 재직 중에 행사하는 경우
재직 중의 행사이익은 회사가 임직원에게 근로의 대가로 준 이익이므로 소득세법 제20조의 근로소득에 해당합니다. 그래서 다른 급여·상여와 합쳐 6~45%의 누진세율(지방소득세 별도)로 종합과세됩니다. 행사이익이 클수록 높은 세율 구간이 적용되니, 스톡옵션 행사이익만으로도 세율이 껑충 뛸 수 있습니다.
(2) 퇴직 후에 행사하는 경우
스톡옵션을 퇴직 후에 행사하는 경우, 더 이상 '재직 중 근로의 대가'로 보기 어려워, 근로소득이 아니라 소득세법 제21조의 기타소득으로 과세합니다. 재직 중 행사와 퇴직 후 행사는 소득 구분이 달라지므로, 행사 시점을 정할 때 이 점을 함께 고려해야 합니다. 이 기타소득은 기타소득금액이 300만원 이하이면 선택적 분리과세가 가능하지만, 300만원을 초과하면 종합소득에 합산해 과세됩니다. 스톡옵션 행사이익은 통상 이 기준을 크게 넘어 실무상 대부분 종합과세됩니다.
여기서 자연스럽게 이런 의문이 듭니다. "아직 팔지도 않아 현금이 한 푼도 안 들어왔는데, 행사만으로 세금부터 내야 하나요?" 맞습니다. 비상장 스타트업이라면 행사한 주식을 곧바로 팔기 어려운데도 세금은 먼저 나올 수 있습니다. 바로 이 부담을 덜어주기 위한 장치가 다음의 벤처기업 특례들입니다.
3. 벤처기업이라면 세제 특례 세 가지 — 비과세·분할납부·양도소득 전환
스타트업이 벤처기업에 해당한다면, 임직원의 스톡옵션 행사이익에 대해 조세특례제한법이 세 가지 특례를 두고 있습니다. 결론부터 말하면 ① 일부를 아예 비과세하고(비과세 특례), ② 세금을 5년에 나눠 내게 하며(납부특례), ③ 근로소득 대신 양도소득으로 과세받게 하는 (과세특례) 세 종류의 조세특례입니다. 하나씩 보겠습니다.
(1) 비과세 특례 — 연 2억 원, 벤처기업별 누적 5억 원까지
가장 직관적인 혜택입니다. 벤처기업 임직원이 2027년 12월 31일 이전에 부여받은 스톡옵션을 행사해 얻은 행사이익 중 연간 2억 원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 않습니다(제16조의2 제1항).
또한, 위 연간 2억 원과 별개로 비과세되는 행사이익의 벤처기업별 총 누적 금액은 5억 원을 넘지 못합니다. 즉 한 벤처기업에서 여러 해에 걸쳐 행사하더라도 비과세로 덜어낼 수 있는 총액은 누적 5억 원까지입니다.
이 특례가 적용되는 옵션은 「벤처기업육성에 관한 특별법」에 따라 부여받은 주식매수선택권 등으로 한정되므로(제16조의2 제2항), 우리 회사가 부여한 옵션이 요건을 갖췄는지 먼저 확인해야 합니다. 또한, 스톡옵션 부여 당시 비상장기업의 주식에 대해서만 적용이 가능한 점도 유의해야 합니다.
(2) 납부특례 — 스톡옵션 행사차익에 대한 세금을 5년동안 나눠 낸다
'현금은 안 들어왔는데 세금부터'라는 부담을 정면으로 완화하는 규정입니다. 비과세되고 남은 행사이익에 대한 소득세를 한 번에 내지 않고 5년에 걸쳐 나눠 낼 수 있습니다. 납부특례는 아래의 프로세스로 적용됩니다.
- 임직원이 원천징수의무자(회사)에게 납부특례를 신청하면 행사 시점에 원천징수를 하지 않습니다.
- 대신 행사한 해의 근로소득에 대한 종합소득세 확정신고 시, 관련 세액의 5분의 1만 먼저 내고, 나머지 5분의 4는 그다음 4개 연도에 걸쳐 매년 4분의 1씩 나눠 냅니다.
결과적으로 세금 총액은 같되, 5년에 분산해 유동성 부담을 낮춰줍니다.
단, 행사가격과 시가의 차액을 주식이 아니라 현금으로 정산받는 경우 (차액보상형, 현금보상형 스톡옵션)에는 이 특례가 적용되지 않습니다. 현금이 실제로 들어오는 경우까지 분할납부를 열어줄 이유가 없기 때문입니다.
(3) 과세특례 — 근로소득이 아닌 양도소득으로 과세
과세특례는 세 가지 중 세 부담 측면에서 가장 강력할 수 있는 특례입니다. 결론부터 말하면, 요건을 갖춘 '적격주식매수선택권'은 행사 시점에 근로소득(또는 기타소득)으로 과세하는 대신, 나중에 해당 주식을 팔 때 양도소득세로 과세합니다. 해당 특례는 두 가지 측면에서 임직원에게 아주 유용한 특례입니다.
첫 번째로, 스톡옵션을 행사하는 시점에 세금을 납부하지 않아도 된다는 점입니다. 과세특례가 적용되지 않으면 해당 연도의 종합소득세 신고 시 큰 세부담이 생깁니다. 이런 경우, 주식은 아직 팔지 않아 보유현금은 없는데 세금은 납부해야 하니 임직원 입장에서 매우 난감한 상황이 될 수 있습니다. 이러한 상황에서 과세특례를 적용하면 세금의 부담시점을 ‘주식을 파는 시점’까지 이연시킬 수 있다는 점에서 과세특례는 임직원에게 아주 유용합니다.
두 번째로, 실제 부담해야하는 세금 자체가 줄어들 수 있다는 점입니다. 근로소득은 최고 45%의 누진세율로 종합과세되는 반면, 주식 양도소득은 종합소득에 합산되지 않고 별도로 계산합니다. 또한 적용되는 세율도 종합소득세율 대비 상대적으로 낮기 때문에 대부분의 케이스에서 양도소득으로 과세되는 경우가 유리합니다.
이처럼 아주 강력한 세제특례인 만큼, 적용요건이 까다롭습니다. 대표적인 요건을 정리해보면 다음과 같습니다.
- 벤처기업 임직원에 해당해야 함
- 행사일부터 역산해 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계가 5억 원 이하여야함
- 취득한 주식만 거래하는 전용계좌를 개설해야 함
- 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하면 특례가 깨져 다시 근로소득 등으로 과세됨.
4. 세 가지 특례, 어떤 것을 먼저 적용해야 할까?
앞서 설명한 세 특례를 요약해 보면 다음과 같습니다.
| 구분 | 비과세 특례(제16조의2) | 납부특례(제16조의3) | 과세특례(제16조의4) |
| 효과 | 행사이익 일부를 비과세 | 세금을 5년 분할납부 | 근로소득 → 양도소득 전환 |
| 한도·요건 | 연 2억·누적 5억 원 | 비과세 후 잔여 세액 | 2년 합산 행사가액 5억 원 이하 등 |
| 적용 상황 | 행사이익이 한도 안일 때 | 당장 낼 현금이 부담일 때 | 매각 차익이 크게 예상될 때 |
그렇다면, 해당 특례를 어떤 순서로 혹은 어떤 조합으로 적용해야 할까요?
결론부터 말하면, 세 특례는 성격이 달라 회사와 개인의 상황에 따라 선택지가 달라 일반적인 적용 순서를 정할 수는 없습니다. 다만, 다수의 스톡옵션 컨설팅을 진행해본 바 아래와 같은 순서로 검토를 진행하면 답이 나오는 경우가 매우 많습니다.
- 비과세 한도까지는 ‘비과세특례’를 적용
- 비과세 한도를 초과하는 금액은 ‘과세특례’적용 시 유불리를 검토
- ‘과세특례’적용이 불가한 경우, 납부특례 적용을 검토
다만 세 특례는 신청 요건과 사후관리가 제각각이라, 어느 조합이 최선인지는 개인별 행사 규모와 매각 계획을 함께 놓고 따져봐야 합니다.
5. 주식을 팔 때 — 주식 양도차익에 대한 양도소득세 납부
마지막으로 매각 단계입니다. 행사 단계에서 어떤 특례를 적용받았든, 취득한 주식을 나중에 팔아 차익이 생기면 그 양도차익에는 별도로 양도소득세가 붙습니다.
비상장 스타트업 주식은 소액주주라도 원칙적으로 양도소득 과세 대상입니다. 세율은 보유 주식이 중소기업 주식인지, 대주주에 해당하는지 등에 따라 달라집니다. 특히 제16조의4의 과세특례를 적용받은 경우에는 행사 시점에 과세하지 않은 이익까지 양도 단계에서 함께 정산되므로, 매각 전에 예상 세액을 미리 계산해 두는 것이 좋습니다.
정리하면, 스톡옵션은 '행사'와 '양도' 두 관문 모두에서 세금을 점검해야 하며, 벤처기업 특례는 주로 첫 번째 관문(행사)의 부담을 조정하는 장치라는 점을 기억하시기 바랍니다.
마치며
스톡옵션 세금은 한 문장으로 요약됩니다. "행사할 때와 팔 때, 두 번 나눠 낸다"는 것입니다. 행사이익은 원칙적으로 근로소득이지만, 벤처기업 임직원에게는 비과세특례·납부특례·과세특례라는 세 갈래의 완충장치가 열려 있습니다.
실무에서는 세 가지를 챙기시길 권합니다. 첫째, 우리 회사가 벤처기업 요건과 옵션 부여 요건을 갖췄는지. 둘째, 재직 중 행사인지 퇴직 후 행사인지(소득 구분이 달라짐). 셋째, 예상 행사이익과 향후 매각 계획을 놓고 어떤 특례 조합이 유리한지입니다.
다만 스톡옵션 과세는 특례별 요건과 사후관리가 까다로워 신청 하나만 놓쳐도 세 부담이 크게 달라집니다. 행사 시점을 정하기 전에, 개인별 시뮬레이션과 함께 전문가의 검토를 받으시길 권해 드립니다.
본 글은 대율회계법인 손주영 공인회계사가 2026년 8월 현행 세법을 근거로 작성했습니다. 일반적 정보 제공 자료이며 특정 거래에 대한 세무 자문이 아니므로, 실제 적용 전 개별 검토를 받으시기 바랍니다.
근거 규정 및 출처
- 조세특례제한법 제16조의2(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례)
- 조세특례제한법 제16조의3(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례)
- 조세특례제한법 제16조의4(벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례)
- 소득세법 제20조(근로소득)·제21조(기타소득)
- 벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의3(주식매수선택권)
- (조문 기준 시점: 2026년 7월 1일 시행 조세특례제한법)