스톡옵션 손금산입, 행사차익 비용처리 요건 총정리

요약(Summary): 종업원의 스톡옵션 행사차익은 회사도 손금으로 비용처리할 수 있습니다. 다만 발행주식총수 10% 한도와 임직원의 과세특례 미적용이라는 두 요건을 모두 갖춰야 합니다.

들어가며

스톡옵션을 부여한 회사의 법인세 신고서를 검토하다 보면, 임직원 쪽 원천징수는 정확한데 회사 쪽 세무조정이 누락되어 있는 경우가 종종 있습니다. 결론부터 말씀드리면, 일정 요건을 충족한 스톡옵션이라면 종업원의 행사차익을 회사의 손금으로 처리할 수 있습니다.

이번 칼럼에서는 스톡옵션을 부여한 회사 입장의 세무처리에 대해 다뤄보려고 합니다. 구체적으로, 손금으로 인정되는 시점과 금액, 두 가지 요건, 비상장회사의 시가 산정, 그리고 실제 세무조정에 대해 알아보도록 하겠습니다.

참고로, 이번 칼럼은 비상장회사를 기준으로 작성되었습니다. 상장사의 경우 일부 내용이 다를 수 있다는 점에 유념해주시기 바랍니다.

1. 손금으로 인정되는 시점과 금액

아래 사례로 설명하겠습니다.

• A사가 직원 甲에게 3년을 근무하면 A사 주식을 1주당 300원에 매수할 수 있는 스톡옵션을 부여했습니다. 이 300원을 행사가액이라고 합니다.
• 甲은 3년을 근무한 뒤 옵션을 행사해 약정대로 300원에 A사 주식 1주를 매수했습니다. 행사한 날 A사의 1주당 시가는 700원입니다.

이 사례에는 회사가 판단해야 할 사건이 두 번 있습니다. 스톡옵션을 부여한 거래와, 甲이 스톡옵션을 행사한 거래입니다.

(1) 손금으로 인정되는 금액

행사시점의 시가에서 행사가액을 뺀 금액, 즉 임직원의 행사차익이 손금산입 대상입니다. 사례에서는 700원에서 300원을 뺀 400원에 해당하죠. 여기서 시가를 어떤 금액으로 볼지가 비상장회사의 실제 고민입니다. 이 부분은 아래 3.에서 따로 다루도록 하겠습니다.

그렇다면 이 금액(임직원의 행사차익)을 왜 회사의 비용으로 인정해 주는 것일까요?

회사에서 현금이 지출되는 것도 아닌데 비용으로 인정해주는 것이 다소 어색합니다만, 아래와 같은 취지를 보면 이해가 됩니다.

• 금전으로 주면 비용으로 인정되고, 이에 상응하는 주식으로 주면 비용처리가 안된다면 과세형평에 맞지 않는다.
• 받는 임직원 입장에서는 행사차익에 대해 세금(소득세)을 내는데, 주는사람 입장에서 비용처리가 되지 않는다면 대칭이 맞지 않는다.

(2) 손금의 귀속시기

스톡옵션 행사차익의 경우, 부여시점에는 손금으로 인정되지 않고, 임직원이 행사한 시점에 손금으로 인정됩니다. 법인세법 시행령에서 "약정된 주식매수시기"의 매수가액과 시가의 차액을 손비로 정하고 있기 때문입니다. 여기서 약정된 매수시기는 부여 결의를 한 날이나 근무요건이 채워진 날이 아니라, 실제로 권리를 행사한 날입니다.

다만, 이 귀속시기에 손금으로 처리하기 위해서는 ‘임직원이 상법상 행사요건을 갖추어 유효하게 행사’해야 합니다. 상법 제340조의4에서 주주총회 결의일부터 2년 이상 재임하거나 재직해야 주식매수선택권을 행사할 수 있도록 정하고 있습니다. 유권해석에 의하면, 주총 결의일로부터 2년 이내에 퇴직하여 상법상 요건을 충족하지 못한 경우 그 행사차액 역시 손금에 산입할 수 없습니다. (서면-2023-법인-3670)

즉, 회사 입장에서는 퇴사자가 스톡옵션을 행사하겠다고 연락해 오면 재임·재직기간을 꼭 먼저 체크해봐야 합니다.

(3) 부여 유형별 손금 대상

법인세법 시행령에서는 스톡옵션의 결제 방식에 따라 손금 대상을 나누어 정하고 있습니다.

세 유형 모두 결과적으로 같은 금액, 즉 행사시점 시가와 행사가액의 차액이 손금이 됩니다. 다만 차액보상형은 회사가 현금을 실제로 내보내므로 회계상으로도 비용이 잡히고, 신주발행형과 자기주식교부형은 자본거래로만 처리되어 비용이 잡히지 않는다는 차이가 있습니다.

2. 손금산입의 두 가지 요건

스톡옵션 행사차익의 경우, 아래 두 요건을 모두 충족해야 손금으로 처리할 수 있습니다.

(1) 발행주식총수의 10% 범위

법인세법 시행령 제19조 제19호의2 단서에서 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10 범위에서 부여하거나 지급한 경우로 한정하고 있습니다.

그렇다면, 이를 초과하여 발행한 스톡옵션의 경우 어떻게 처리되어야 할까요? 이 처리는 어떤 법에 근거하여 스톡옵션을 발행했느냐에 따라 달라집니다.

1) 벤처기업법에 근거하여 스톡옵션을 발행한 경우

벤처기업법에 근거하여 스톡옵션을 발행하는 경우, 최대 발행주식총수의 50%까지 스톡옵션을 발행할 수 있습니다. 이러한 경우 법인세법상 요건인 ‘10%’를 초과하였으므로, 전체 스톡옵션을 비용처리할 수 없는 것인지, 아니면 10%까지는 비용처리할 수 있는 것인지가 쟁점입니다.

관련 예규에서는 10% 범위 내에 부여한 주식매수선택권의 행사차액에 한하여 손금에 산입할 수 있다고 한 바 있습니다.(사전-2026-법규법인-0055, 서면-2023-법규법인-4159). 때문에 10%까지는 손금으로 인정된다고 보는 것이 적절합니다.

2) 상법에 근거하여 스톡옵션을 발행한 경우

비상장회사의 경우, 상법에서는 발행주식총수의 10%를 한도로 스톡옵션을 발행하도록 하고 있습니다. 즉, 법인세법상 손금인정 한도와 동일하기에 ‘발행주식 수’요건은 자동으로 충족하게 됩니다.

(2) 임직원이 과세특례를 적용하지 않을 것

부여받은 임직원이 조세특례제한법 제16조의4의 과세특례를 적용한 경우, 회사는 그 행사차익을 손금으로 처리할 수 없습니다. 조세특례제한법 제16조의4 제4항에서 손금에 산입하지 아니한다고 정하고 있습니다.

제16조의4의 과세특례는요건을 갖춘 적격주식매수선택권에 대해 행사시점에는 임직원에게 소득세를 과세하지 않고, 나중에 그 주식을 팔 때 양도소득세로 과세하는 제도입니다. 임직원 입장에서는 세금을 낼 시점을 미루면서 세율도 낮출 수 있는 강력한 특례입니다.

회사 손금반영을 막아 둔 이유는 ‘과세의 균형’입니다. 임직원 쪽에서 행사이익에 대한 소득세를 아직 걷지 않은 상태인데 회사 쪽 손금까지 인정하면, 당초 과세 취지에 어긋나기 때문입니다.

여기서 중요한 구분이 있습니다. 벤처기업 스톡옵션에 관한 조세특례제한법의 특례는 세 가지인데, 손금불산입을 정한 규정은 제16조의4 제4항뿐입니다. 즉 임직원이 벤처기업 비과세특례나 납부특례를 적용했다는 사실만으로 회사의 손금산입이 막히지는 않습니다. 세무조정 전에 확인해야 할 것은 임직원이 적용받은 특례가 셋 중 어느 것인지입니다.

3. 법인세법상 시가의 산정 순서

손금 대상 금액을 계산할 때 시가를 무엇으로 볼지가 실무의 난점입니다. 상장법인이라면 그 날의 거래소 최종시세가액을 쓰면 됩니다. 그렇다면 스타트업을 비롯한 비상장 회사들은 시가를 어떻게 산정해야 할까요?

스톡옵션 행사차익을 계산할 때의 시가는 법인세법상 시가를 따르며, 법인세법 시행령 제89조의 순서를 적용합니다. 순서는 다음과 같습니다.

(1순위) 제3자간에 일반적으로 거래된 가격

해당 거래와 유사한 상황에서 회사가 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격, 또는 특수관계인이 아닌 제3자 사이에 일반적으로 거래된 가격이 있으면 그 가격을 씁니다.

다만, 제3자간 거래가격 적용 시 아래의 사항에 유의해야 합니다.

• 예규에 따르면, 비상장주식의 사설 장외거래 사이트에서 매도자와 매수자의 호가를 기준으로 형성된 시세는 시가로 볼 수 없습니다. (사전-2021-법령해석법인-0107).
• 특수관계인이 아닌 제3자 사이의 일반적 거래가격은 거래일 이후 행사일까지의 기간이 단기간이고 그 기간에 특별한 기업가치 변동이 없는 경우에 제한적으로 시가로 인정할 수 있다고 보고 있습니다. (사전-2021-법령해석법인-0107).

(2순위) 상속세 및 증여세법을 준용한 보충적 평가금액

시가가 불분명한 경우에 적용합니다. 상속세 및 증여세법 제60조부터 제66조까지의 규정을 준용해 평가한 금액이며, 통상 회계사나 세무사에게 평가를 의뢰해 받습니다.

여기서 비상장주식에만 적용되는 중요한 제약이 있습니다. 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호는 감정평가법인이 감정한 가액을 시가로 인정하면서도, 주식등은 제외한다고 명시하고 있습니다. 부동산이라면 감정평가를 받아 시가로 쓸 수 있지만 주식은 그 길이 막혀 있습니다. 결과적으로 비상장주식은 쓸 수 있는 거래가격이 없으면 곧바로 상속세 및 증여세법상 보충적 평가금액으로 갑니다.

4. 사례별 세무조정

스톡옵션 세무조정의 경우, 당초에 회사가 어떻게 회계처리했느냐에 따라 달라집니다. 중소기업 특례를 적용하는 경우 스톡옵션 부여 시 회계처리를 생략할 수 있기에, 적용 여부에 따라 세무조정이 크게 달라집니다.

(1) 중소기업 회계처리 특례를 적용한 경우

일반기업회계기준 제31장 문단 31.8에서, 주식결제형 주식기준보상거래가 있는 경우 부여한 지분상품이 실제로 행사되거나 발행되기까지는 별도의 회계처리를 하지 않을 수 있도록 정하고 있습니다. 중소기업의 회계처리 부담을 덜어 주기 위한 특례입니다.

이 특례를 적용하면 각 시점의 회계처리는 아래와 같습니다. 사례 경우, 액면가를 100원, 행사가를 300원, 행사시점 시가를 700원으로 가정했습니다.

1) 부여시점 회계처리 및 세무조정 : 없음

2) 행사시점 회계처리: 전액이 자본거래로 처리되어 비용이 한 푼도 잡히지 않습니다. 액면가만큼 자본금 계정으로 처리하고, 잔여 금액은 주식발행초과금으로 회계처리 됩니다.

(차) 보통예금      300      (대) 자본금          100
                            (대) 주식발행초과금   200

3) 행사시점 세무조정 : 세무상으로는 400원 (시가 700원 - 행사가 300원)을 손금으로 인정받아야 하는데 회계에 비용이 없으니, 세무조정으로 손금을 반영합니다.

(손금산입) 스톡옵션 행사차익 400원 (기타)

(2) 특례를 적용하지 않은 경우

일반기업회계기준과 IFRS에서는 종업원에게 부여한 지분상품의 공정가치를 부여일 기준으로 측정해 보상원가와 자본조정으로 처리하도록 정하고 있습니다. 또한, 그 보상원가를 가득기간에 배분해 인식하도록 정하고 있습니다.

시점 별 회계처리와 세무조정은 다음과 같습니다.

1) 부여시점 회계처리 및 세무조정 : 마찬가지로 없습니다.

2) 매 회계연도 말 : 중소기업특례를 적용하지 않는 경우, 가득기간동안 계속해서 주식보상비용이 비용으로 계상됩니다. 그런데 아까 살펴보았듯, 법인세법에서는 스톡옵션에 대해 ‘행사 시점’에만 손금으로 인정해줍니다. 때문에 기중에 계상한 이 주식보상비용에 대해 손금 부인하는 세무조정을 해야합니다.

예시에서는, 아래 상황을 가정하여 회계처리하였습니다.

• 부여당시 스톡옵션의 시가 : 210원
• 행사시점 주식의 시가 : 700원
• 가득기간 : 3년

(회계처리) 매 연도 말

매 연도 주식보상비용으로 인식해야할 금액은 70원 (부여당시 시가 210원 / 3년)입니다. 회계 상, 이 금액을 매 연도 비용처리하고 상대계정으로 주식선택권(자본조정) 계정을 사용합니다.

(차) 주식보상비용    70      (대) 주식선택권(자본조정) 70

(세무조정) 매 연도 말

행사시점에만 비용처리가 가능하므로, 손금 부인하는 세무조정을 반영합니다.

(손금불산입) 주식보상비용 70 (기타)

3) 행사시점

행사시점에는 행사가 만큼 회사에 예금이 입금되고, 그에 상응하는 만큼 자본금과 주식발행초과금을 인식하는 분개를 수행합니다. 이 부분까진 위 ‘중소기업회계특례’의 케이스와 동일합니다.

다만, 이에 더하여 기 인식했던 주식선택권(자본조정)을 주식발행초과금 (자본잉여금)으로 대체하는 분개를 추가로 수행합니다.

(회계처리)

(차) 보통예금      300       (대) 자본금          100
                            (대) 주식발행초과금   200

(차) 주식선택권    210       (대) 주식발행초과금   210

(세무조정)

세무조정은 위 (1)의 중소기업회계처리특례 적용 시 와 동일합니다. 즉, 행사당시 시가와 행사가의 차이에 대해 손금산입하는 세무조정을 반영합니다.

(손금산입) 스톡옵션 행사차익 400원 (기타)

마치며

스톡옵션 세무조정은 결산 막바지에 급하게 볼 항목이 아닙니다. 판단에 필요한 자료가 여기저기 흩어져 있기 때문입니다.

실무에서는 부여 단계부터 아래 세 가지 자료를 정리해 두시기를 권합니다.

• 부여 회차별 주주총회 결의서와 그 부여시점의 발행주식총수 기준으로 계산한 부여 비율
• 임직원이 행사일 전일까지 제출한 특례적용신청서
• 행사일 기준 주식평가 자료

특히 비상장회사는 행사일 기준 평가를 미리 준비해 두셔야 합니다. 평가를 의뢰해 받는 데 시간이 걸리는데, 법인세 신고 직전에 착수하면 근거 없이 숫자를 반영하나 손금을 포기하는 선택으로 몰리게 됩니다. 때문에 스톡옵션 행사가 예정되어 있다면 미리 검토를 받으시는 것이 좋습니다.

※ 본 칼럼은 국세청 예규와 일반기업회계기준, 2026년 9월 현행 법인세법·조세특례제한법·상법 규정을 기준으로 대율회계법인 손주영 회계사에 의해 작성되었습니다. 개별 거래의 구체적 사실관계에 대한 세무 자문이 아닙니다.

근거 규정 및 출처

회계기준

• 일반기업회계기준 제19장 '주식기준보상' 문단 19.8~19.14
• 일반기업회계기준 제31장 '중소기업 회계처리 특례' 문단 31.8, 31.16

법령 (2026년 9월 현재 시행)

• 법인세법 제19조, 같은 법 시행령 제19조 제19호의2, 제89조
• 조세특례제한법 제16조의2, 제16조의3, 제16조의4
• 조세특례제한법 시행령 제14조의4
• 상법 제340조의2, 제340조의4
• 벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의3

해석례

• 사전-2020-법령해석법인-0814 (2020. 10. 21.) 주식매수선택권 행사 시 손금산입 금액
• 사전-2021-법령해석법인-0107 (2021. 2. 26.) 주식매수선택권 행사 시 법인세법상 시가 산정방법
• 서면-2023-법인-3670 (2024. 5. 1.) 퇴사 이후 행사하는 경우 행사차액의 손금산입 여부
• 서면-2023-법인-3551 (2024. 7. 8.) 부여한도 초과 부여 후 발행주식총수가 증가하는 경우 추가 손금산입 여부
• 서면-2023-법규법인-4159 (2026. 1. 6.) 및 사전-2026-법규법인-0055 (2026. 4. 7.) 벤처기업법에 따라 부여한도를 초과해 부여한 경우 행사차액의 손금산입 방법